Der "Kontrapunkt" wurde 1999 gegründet, hatte allerdings einen Vorgänger-Chor namens Bonner Musikkreis, der von Adolf Hamacher ursprünglich einmal als Schulchor ins Leben gerufen worden war.

Nach dem Tod Hamachers, der auch den Bonner Männer-Gesang-Verein dirigiert hatte, übernahm Marc Mönig den Männerchor. Die Idee, neben diesem Chor einen gemischten Chor wiederzubeleben, gefiel ihm sofort. Schnell fanden sich außer den ehemaligen Sängern und Sängerinnen des Bonner Musikkreises einige Musikbegeisterte, die diese Idee genauso gut fanden. (Die Rolle der Frau unseres Chorleiters bei der Anwerbung neuer Sänger in Romanistenkreisen der Bonner Universität ist bis heute legendär). Mit zunächst ungefähr 20 Sängerinnen und Sängern wagte sich der Chor an kleinere a-cappella-Stücke wie "Das Landsknechtständchen", "Dixie" oder "Lollipop" und sammelte erste Aufführungspraxis bei Stadtteilfesten oder beim "Bonner Sommer". Ein erstes Highlight war schließlich die Aufführung der Paukenmesse von Joseph Haydn verbunden mit einer ersten Konzertreise nach Arnsberg Hüsten im Sauerland. Daneben entstand von Anfang an eine bis heute fruchtbare Kooperation mit dem BMGV, bei der sich beide Seiten bei Aufführungen unterstützten. Es folgten weitere größere Projekte, bei denen der Chor mit verschiedenen Chören zusammenarbeiten konnte, z. B. die großen Oratorien von Mendelssohn, Elias und Paulus, das Requiem von Mozart oder die Schöpfung von Haydn. Ein unvergesslicher Auftritt war im Jahr 2009 schließlich die Aufführung der Carmina Burana mit großem Orchester und Schlagwerk in der Beethovenhalle Bonn.